Marifet Okulu Ortaokul, 11-14 yaş arasındaki gençlere yönelik 9 -12 kişilik gruplar halinde, rehberler eşliğinde sürdürülen ve iki yıl devam eden bir eğitim programıdır. Bu program ile gençlerin şahsiyet gelişimini desteklemek, kişisel sosyal ve manevi gelişimlerine destek olmak hedeflenmektedir. Ortaokul öğrencilerinin manevi ve kişisel gelişimlerine katkı sağlamak amacıyla, lider-rehberlerin öncülüğünde yapılan eğitim programının adıdır. Program gençlerin yaparak, yaşayarak ve keyifli bir şekilde öğrenmesini esas almaktadır. Ortaokul çağındaki gençler her cumartesi Marifet Okulu çatısı altında okuma, araştırma, sunum, geziler ve daha birçok etkinlikten oluşan çalışmalar yapmaktadırlar.
Yaz ve kış dönemlerinin sonunda gençler kamplarda dostluklarını pekiştirmekte, sene sonunda yapılan geniş katılımlı programlarda ise programın ürünlerini sergilemektedirler.
Ortaokul 5, 6 ve 7. sınıflarda okuyan öğrenciler başvurabilirler.